自新学制成立系统以后，所有各级各种学堂的行政及管教员，才有完备的组织及统一的名称。监督逐渐脱离职官专管学堂，教习逐渐由华员替代。内中行政组织的区别，只以等级为标准了，不以种类为标准，大概高等学堂以上，为一等组织，规模宏大；自中等学堂以下为二等组织，规模狭小。但学堂行政首领自中等学堂以上，统称监督；自中等学堂以下，统称堂长。至于蒙养院及艺徒学堂，均非单独设立，组织更其简单，我们可以从略少叙。
二 一等组织
此项组织，又分大学堂与高等学堂两类。大学堂设总监督一人；总管全堂各分科大学事务，统率全学人员。分科大学每科设监督一人，受总监督的节制，掌本科之教务、庶务、斋务一切事宜。每分科，在监督之下，设立三部：一为教务，设教务提调一人，其下设正教员、副教员若干人；二为庶务，设庶务提调一人，其下设文案官、会计官、杂务官等人；三为斋务，设斋务提调一人，其下设监学官、检查官、卫生官等人。此外天文台、植物园、动物园、演习林、医院及图书馆各机关，均设经理官一人。全学设一会议所，议决大学一切重要事务。各分科设一教员监学会议所，议决关于各本科一切重要事务。