1943年，日伪清乡最为猖狂。10月，日军大队长山本率机动队“清剿”南通地区，12天抓捕群众560人，在石港镇一山脚下，一次用马刀砍杀23人。是年4月至年底，苏中新四军指战员牺牲300余人，群众被抓6万余人，被杀1026人，被烧房屋5124间。苏中区军民坚持斗争，直至1944年4月彻底粉碎清乡，恢复被占领地区。
（二）淮海淮北
1942年11月15日，日伪军合击淮海根据地六塘河两岸和淮北根据地中心区青阳（属泗洪县）、半城（在泗洪县南部、洪泽湖西）。新四军第3师（黄克诚）、第4师（彭雪枫）先行转移。日伪军分区清剿。淮海区、淮北区军民经1个月作战，击退日伪军“扫荡”。11月末，日伪军“扫荡”淮南抗日根据地，亦被击退。
1942年底，新四军军部离开盐阜（盐城、阜宁）区，1943年1月10日转移至淮南盱眙县黄花塘。1943年2月17日，日军分多路向盐阜区“扫荡”，搜寻新四军主力决战未成，乃分区“清剿”。日军所过之处，特别是滨海的单家港、八滩，阜宁的东沟、益林、陈家集诸镇和许多村庄被洗劫一空。新四军第3师一部与民兵游击队坚持在根据地内斗争，主力则于外线攻击日伪军据点，第1、第2、第4各师打击当面之敌，进行策应。日伪“清剿”、伪化未成功，于3月11日撤退。苏北军民全面反击。至4月14日，反“扫荡”结束。