甚至输入的科学技术，也不免受到批评。他们对科学描绘世界的方式有所保留，又觉得它不能胜任作为人类活动的最终目标的道德完善工作。他们谴责宗教教义，不仅揭露其本身的不合理、无理性，而且更将其归之于政治颠覆活动。1664年将汤若望（亚当·沙尔）等传教士逮捕入狱，就是把他们看成是外国雇佣的间谍。雍正皇帝在1723年驱逐传教士时对他们说：
尔等欲我中国人尽为教徒，此为尔等之要求，朕亦知之；但试思一旦如此，则我等为如何之人，岂不成为尔等皇帝之百姓乎？[5]
几乎可以肯定，在最初的17、18世纪传教时期，教育交流的潮流多由中国流向欧洲。经过书面考试的竞争再行录取文职人员，已是西方各国有关现代教育制度的设想的中心，追根溯源，这种制度就是来自中华帝国。[6]中国的教育实践终此阶段也无甚变化，但是，用与中国截然不同的知识与中国士大夫的交往，造成了以后中国对外教育交流过程中不断反复出现的两种思想的形成。一种思想认为：来自其他文明的影响，有造成道德感淡薄、政治上又受人控制的危险；另一种思想则认为：可以而且应该对其他的文明作一区别，将经过事先审定、认为可以丰富中国文明的成分有选择地吸收过来。之所以存在这两种相联并存的思想，是有其思想基础的，他们真切地感受到了中国文化的创造力及凝聚力，深信这个文化正是中华帝国存在、统一的基础。