为更好地组织上述学科的学习，马里坦认为，在理想的大学里，所有系、科都应当由学院代替，应按照上述四类学科，设立四个相应的学院。其中最重要的是与第四类学科相对应的学院。因为在马里坦看来，高等教育各专业知识并不是或不应是杂乱无章的，各专业知识应与“普遍性的精神”结合起来，将各专业知识纳入等级有序的知识统一体，以避免和克服高等教育中各学科主次不分、多科平行的现象。实用学科、实践学科等都必须在最高层次的形而上学、哲学和神学中找到自己的性质和意义。
针对大学中存在的重科研轻教学的现象，马里坦强调大学教授的任务是教学而不是科研，认为以“研究取代教学的企图”是“愚蠢的”。在这一前提下，马里坦指出，为加强大学的研究工作，应建立“研究院”，专门致力于科学的发展和知识的增进工作。为进一步发挥一所“健全的”大学应有的职能，马里坦还建议在大学里建立两个机构，即“精神生活学院”（“智慧学院”）和“精神复兴中心”。前者是学习和探讨理智最高状态——智慧所应把握的知识的专门机构，其办学模式可以从人类文明的历史传统中吸取养料，如古希腊时代的毕达哥拉斯学院和柏拉图学院，甚至中国和印度的一些古老学院等，在精神和形式上都是值得借鉴的；后者是为信仰基督教的学生建立的对人类灵魂进行启蒙的场所，学生可以在此接受精神生活和沉思的训练，学习圣经、神学以及作为神学最高部分的“福音完善的科学”。