虽然行为治疗在处理许多问题行为上相当成功（例如可以缓解焦虑或减轻症状），但是由于行为治疗者只专注于可以观察到的行为，也使这种方法显示出了其局限性，从实质上已经扭曲了真正的治疗主题。例如，一名抱怨人生缺乏意义的患者，可能会被要求将这种抽象状态以可测量的行为频率加以定义。行为治疗师可能会计算患者参加快乐活动的次数，并设计治疗计划，针对参加宴会、与友人交谈、阅读书籍等行为给予酬赏。而事实上这种治疗并未针对患者的真正问题，只是让患者的生活快乐一点，并暂时分散患者对于生命意义的注意力。
关于行为治疗的效果，也遭到了人们的批评。有些行为治疗只是肤浅、简单的技巧，太注重短期效果。一旦治疗计划结束，患者的问题行为可能会再次出现，所以行为治疗效果的稳定性、持续性较差。另外，行为治疗的效果也难以类化到其他情境中。以代币制为例，在治疗机构中，由于很容易对患者实施控制，所以代币制通常非常有效。而患者一旦离开治疗机构，在缺乏代币诱因的情况下，原先治疗的肯定效果就会停止，并且通常不会类化到新情境中。同样，也有研究证明生理反馈法并不像过去所宣称的那样有效。