刘裕正在紧锣密鼓地准备，远在荆州的刘毅又病了，而且病得很重，难以理事。刘毅上疏请调其堂弟右将军刘藩前往荆州佐政，刘裕假装答应，命镇守广陵的刘藩进京述职。
等刘藩进京，九月十二日，刘裕即以天子名义下诏，“刘毅傲狠凶戾，履霜日久，中间覆败，宜即显戮……复蒙宠授，曾不思愆内讼，怨望滋甚……长恶不悛，志为奸宄，陵上虐下，纵逸无度。既解督任，江州非复所统，而辄徙兵众，略取军资，驱斥旧戍，厚树亲党。西府二局，文武盈万，悉皆割留，曾无片言……又与从弟籓远相影响，招聚剽狡，缮甲阻兵，外托省疾，实规伺隙，同恶相济，图会荆郢。尚书左仆射谢混凭藉世资，超蒙殊遇，而轻佻躁脱，职为乱阶，扇动内外，连谋万里。是而可忍，孰不可怀。”
廷尉奉旨拘押谢混、刘藩两人，当天便以天子名义赐死。
九月十三日，太尉刘裕上疏讨伐荆州刺史刘毅，天子准奏，赐黄钺，命其督西征事。刘裕以刘怀慎守京口，豫州刺史诸葛长民监太尉留府事，加太尉司马；丹阳尹刘穆之为建武将军，统率京中兵马。