然后就是他设置的军事重镇，有的由淮军组成，有的由八旗兵组成，有的由绿营军组成，有的由地方团练组成，当然还有一少部分由他的嫡系湘军组成。虽然名义上各军、各部都要听从曾国藩的统一调度指挥，可是私下里除了他自己的湘军外，其他各军各部，那是各有各的小算盘，各有各的利益纠葛，对曾国藩的命令往往都是阴奉阳违。这就导致，军镇与军镇之间很难达成有效的相互配合。一旦遭遇规模较大的捻军作乱，一个军镇的力量无法抗衡时，另一个军镇见不是自家派系的，往往会选择自保而坐视不理，各个军镇之间简直就是一盘散沙。而无论是手里兵力太少，还是难以协调各部，曾国藩一时都无法解决，甚至说仅仅凭借他自己的力量根本就不可能解决。
兵力少是因为朝廷忌惮曾国藩，不肯也不敢让他带兵太多，以免形成另一支尾大不掉的湘军，至于派系复杂难以调度，可是朝廷故意而为之，其目的也是一样。原本曾国藩就对八旗、绿营不抱有什么太大期望，他们不配合自己也就算了。更令曾国藩心寒的是，一向与湘军过从甚密素有兄弟部队之称的淮军，竟然更加不听自己的号令，甚至有些时候还经常处处与自己作对。慢慢的，曾国藩也逐渐意识到了，淮军之所以不肯配合自己的真实目的，他们分明就是要自己剿捻无功，然后朝廷无奈之下，才能再次改派委任李鸿章担任剿捻统帅。