在这里，不管是费正清中国研究中心、赖肖尔日本研究中心，还是韩国研究中心，组织结构都大同小异。它们都是由正式在职的哈佛教授领衔，外加数量众多的访问学者组成。以费正清中国研究中心为例，首先中心设有执行委员会，是费正清中心的权力机构。执行委员会成员由哈佛大学和波士顿地区最权威的中国学家和东亚地区研究专家组成，是费正清中国研究中心的学术骨干和核心成员。在笔者2008年留学时期，费正清中心主任柯伟林（William Kirby）就是著名的中国历史研究专家，还有包弼德（Peter Bol）、江忆恩（Iain Johnston）、凯博文（Arthur Kleinman）、马若德（Roderick MacFarquhar）等都是各领域中国研究的大牌教授。
同时，费正清中国研究中心还致力于访问学者的筛选和培养。相比于固定的在职常任教职人员（faculty member），来自世界各地的访问学者则以流动性为主，通常访问学者在哈佛的研究年限为1～2年。借助哈佛大学的影响，中心设有许多研究基金、奖学金和国际交流项目，接纳来自全球的专业人员、博士后和研究生。因此，费正清中国研究中心及其培养的人才在美国学界、政界很有影响，对中美关系的影响也很大。